Filtry w oczyszczaczu powietrza pełnią bardzo ważną rolę. Od nich zależy czy nasz oczyszczacz będzie skuteczny. Tam gdzie jest większe zanieczyszczenie powietrza bardziej sprawdzi się filtr kilku stopniowy, składający się z wielu filtrów w jednym urządzeniu. Natomiast przy mniejszym zanieczyszczeniu powietrza polecamy filtr jednostopniowy. Na rynku istnieje kilka rodzai filtrów, każdy z nich ma inne parametry i przystosowany jest do innych zadań. Filtr tkaninowy usuwa mechanicznie takie zanieczyszczenia jak sierść, kurz, pyłki kwiatów. Filtr węglowy aktywny pochłania większość zapachów takich jak dym papierosowy, środki chemii gospodarczej a nawet opary chemiczne, niestety nie usuwa mikroorganizmów oraz alergenów. Filtr elektrostatyczny -jonowy absorbuje kurz oraz alergeny. Jego zaletą jest przyciąganie mikroskopijnych drobinek, jego wadą jest to, że nie usuwa zanieczyszczeń z pomieszczenia, a jedynie z powietrza, nie neutralizuje również zapachów. Filtr wodny jest bardzo wygodny i tani. Ten filtr dodatkowo zwiększa wilgotność w pomieszczeniu, natomiast filt HEPA usuwa pyłki, bakterie, roztocza, sierść zwierząt oraz pleśń. W połączeniu z filtrem węglowym stanowi rewelacyjne rozwiązanie.